หน่วยตรวจสอบภายในมุ่งหวังให้มหาวิทยาลัยมีระบบการบริหารความเสี่ยง ระบบการควบคุมและกำกับดูแลที่ดีโดยการเปิดเผยข้อมูลอย่างถูกต้อง เพียงพอ รวมทั้งใช้ทรัพยากรที่มีอยู่จำกัดให้เกิดประโยชน์สูงสุดโดยมีวัตถุประสงค์ในการดำเนินงานดังนี้
(1) เพื่อให้คำปรึกษาและให้การสนับสนุนให้เกิดการกำกับดูแลที่ดี
(2) สนับสนุนให้มหาวิทยาลัยมีการบริหารความเสี่ยงที่มีประสิทธิภาพ
(3) เพื่อประเมินประสิทธิผลของระบบการควบคุมภายในของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ โดยสามารถมั่นใจได้ว่าระบบข้อมูลทางการเงินและบัญชี มีความน่าเชื่อถือ ถูกต้อง และรวดเร็วทันเวลา มีระบบป้องกันและดูแลรักษาทรัพย์สินที่มีประสิทธิภาพ
(4) เพื่อสอบทานการปฏิบัติตามนโยบายของสภามหาวิทยาลัย และระเบียบข้อบังคับที่เกี่ยวข้องรวมทั้งมีการปฏิบัติตามแผนงานหรือแผนปฏิบัติการ และขั้นตอนปฏิบัติงานตามที่กำหนด
(5) เพื่อสอบทานความมีประสิทธิภาพ และการประหยัดในการใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัย
(6) เพื่อเสริมสร้างประสิทธิภาพในการทำงานของหน่วยงานต่าง ๆ ในมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์โดย
– เสริมสร้างระบบการปฏิบัติงานเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและให้บรรลุประสิทธิผลในการทำงาน
– หามาตรการป้องกันการรั่วไหลและการทุจริตต่าง ๆ