สภามหาวิทยาลัยได้มีมติให้มีการแบ่งส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่  21  มิถุนายน 2536 และได้มีประกาศมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์เรื่อง การแบ่งส่วนงาน เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2536 กำหนดให้มี “งานตรวจสอบภายใน”  สังกัดส่วนอำนวยการอยู่ภายใต้สำนักงานอธิการบดี  และมีเจ้าหน้าที่เริ่มปฏิบัติงานครั้งแรกเมื่อปี 2538 เป็นต้นมา  ต่อมาที่ประชุมบริหารมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ครั้งที่ 7/2540  วันที่ 24 ธันวาคม 2540  ได้ให้หลักการให้แยกหน่วยตรวจสอบภายในออกจากส่วนอำนวยการ  ไปเป็นหน่วยงานอิสระเล็กๆ ขึ้นตรงต่อสภามหาวิทยาลัย

           ต่อมาเมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม 2541 ที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยได้มีการพิจารณาการแบ่งส่วนงานของมหาวิทยาลัยใหม่เพื่อให้เกิดความเหมาะสมและรองรับงานที่จะเกิดขึ้นในอนาคต  จึงได้จัดทำข้อกำหนดมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ว่าด้วย การจัดตั้งสำนักวิชา สถาบัน ศูนย์ หรือหน่วยงานที่เรียกชื่ออย่างอื่น พ.ศ.2541  เมื่อวันที่ 11 สิงหาคม 2541 กำหนดให้มี “หน่วยตรวจสอบภายใน” เป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อสภามหาวิทยาลัย  โดยแบ่งงานภายในหน่วยตรวจสอบภายในออกเป็น 2 งานหลักคือ  (1)งานตรวจสอบ    (2)งานธุรการ

           จากการประชุมสภามหาวิทยาลัยครั้งที่ 5/2542 เมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม 2542 ได้มีมติเห็นชอบให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบภายในและประเมินผล  และมอบหมายให้ นายทวี  หนุนภักดี กรรมการสภามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิเป็นประธานในการพิจารณาแต่งตั้งคณะกรรมการตามที่เห็นสมควร  ต่อมาในการประชุมสภา ฯ  ครั้งที่ 6/2542  เมื่อวันที่ 7 สิงหาคม  2542  ได้มีมติเห็นชอบให้แต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผลมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์  เพื่อทำหน้าที่กำกับดูแลหน่วยตรวจสอบภายในของมหาวิทยาลัย  และระบบ กระบวนการตรวจสอบและประเมินผล  ในเรื่องการเงินและระบบการทำงานขององค์กร ในวันที่ 31 สิงหาคม 2542 ได้มีคำสั่งสภามหาวิทยาลัยที่ 4/2542  เรื่องแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผล   ประกอบด้วย 1. นายทวี  หนุนภักดี  ทำหน้าที่เป็นประธานกรรมการ  2. นายไพบูลย์  วัฒนศิริธรรม เป็นกรรมการ  3. นายสมศักดิ์  อดิเทพวรพันธุ์  เป็นกรรมการ   4. หัวหน่วยตรวจสอบภายใน  เป็นเลขานุการ

           ในปี  2547  สภามหาวิทยาลัย  ครั้งที่ 1/2547 เมื่อวันที่ 13 มีนาคม  2547  เสนอให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการชุดใหม่แทนคณะกรรมการที่มีอยู่เดิม  มติสภามหาวิทยาลัยเห็นชอบให้มีคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผล (Audit Committee)  เพื่อทำหน้าที่ตรวจสอบและประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยให้เป็นไปตามนโยบายที่สภามหาวิทยาลัยกำหนดโดยการตรวจสอบและประเมินผลครอบคลุมในเรื่อง  การตรวจสอบทางการเงิน  การตรวจสอบผลการดำเนินงาน  การตรวจสอบการบริหาร  การตรวจสอบการปฏิบัติตามข้อกำหนดและบรรทัดฐาน  การตรวจสอบระบบงานสารสนเทศ  การตรวจสอบพิเศษอื่น ๆ  เมื่อวันที่ 23 สิงหาคม 2547  ได้จัดทำประกาศสภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์  เรื่องการแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผล   ประกอบด้วย 1. นายไพบูลย์  วัฒนศิริธรรม ทำหน้าที่เป็นประธานกรรมการ  2. นายวัชรา  หงส์ประภัศร เป็นกรรมการ 3. นายปราโมทย์  โชติมงคล เป็นกรรมการ  4. นางยุพดี  ยุทธนาระวิศักดิ์ เป็นกรรมการ  5. ศาสตราจารย์ไพจิตร  โรจนวานิช  เป็นกรรมการ  6. หัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน  เป็นเลขานุการ

           ต่อมา นายปราโมทย์  โชติมงคล ได้ขอลาออกจากการเป็นกรรมการ ตั้งแต่วันที่ 11 กรกฎาคม 2548  ประกอบกับคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผลได้เสนอให้มีการแต่งตั้งกรรมการเพิ่มเติมอีก  1 คน  ในการประชุมสภามหาวิทยาลัย  ครั้งที่  4/2548  เมื่อวันที่  30  สิงหาคม  2548  จึงได้แต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผลแทนตำแหน่งที่ว่างและแต่งตั้งคณะกรรมการเพิ่มเติม ประกอบด้วย  1. นายนนทพล  นิ่มสมบุญ  2. นายแพทย์สมศักดิ์  ชุณหรัศมิ์

           ต่อมาในปี 2550  ได้มีการประชุมสภามหาวิทยาลัยครั้งที่ 5/2550  เมื่อวันที่ 21 ธันวาคม  2550 ได้มีมติเห็นชอบให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผล  เพื่อทำหน้าที่ตรวจสอบและประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยให้เป็นไปตามนโยบายที่สภามหาวิทยาลัยกำหนดโดยการตรวจสอบและประเมินผลครอบคลุมในเรื่อง  การตรวจสอบทางการเงิน  การตรวจสอบผลการดำเนินงาน  การตรวจสอบการบริหาร  การตรวจสอบการปฏิบัติตามข้อกำหนดและบรรทัดฐาน  การตรวจสอบระบบงานสารสนเทศ  และการตรวจสอบพิเศษอื่นๆ  รวมทั้ง ทำหน้าที่ในการแต่งตั้งคณะกรรมการ คณะอนุกรรมการ หรือคณะทำงาน  เพื่อกระทำการใด ๆ อันอยู่ในอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผล  และให้รายงานผลการดำเนินงานต่อสภามหาวิทยาลัยอย่างน้อยปีละ 1 ครั้ง  เมื่อวันที่  11 มกราคม 2551  ได้จัดทำประกาศสภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์  เรื่องการแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผล   ประกอบด้วย 1. นายเอนก  สิทธิประศาสน์  ทำหน้าที่เป็นประธานกรรมการ  2. นายนนทพล นิ่มสมบุญ  เป็นกรรมการ  3. นางยุพดี ยุทธนาระวิศักดิ์เป็นกรรมการ  4. นายแพทย์สมศักดิ์ ชุณหรัศมิ์  เป็นกรรมการ  5. นายสมหมาย  ปฐมวิชัยวัฒน์  เป็นกรรมการ  6. นางสาวดารัตน์  บริพันธกุล  เป็นกรรมการ  7. หัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน  เป็นเลขานุการ

           ต่อมาในปี 2551  ได้จัดทำคู่มือ ระบบการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2551  เพื่อใช้เป็นแนวทางในการปฏิบัติงานของคณะกรรมการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์  และหน่วยตรวจสอบภายใน  พร้อมนี้ในการประชุมสภามหาวิทยาลัยครั้งที่ 4/2551  เมื่อวันที่ 13 กันยายน 2551  มีมติเห็นชอบให้ปรับปรุงการติดตาม ตรวจสอบ ประเมินผลการดำเนินงาน และการตรวจสอบภายในของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์  เพื่อให้สภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์สามารถตอบสนองเจตนารมณ์แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ พ.ศ. 2535  ดังนั้นเมื่อวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2551 จึงได้จัดทำระเบียบมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ว่าด้วยการติดตาม ตรวจสอบ ประเมินผลการดำเนินงาน และการตรวจสอบภายใน พ.ศ. 2551 ขึ้นมา

           จากการประชุมสภามหาวิทยาลัยครั้งที่ 5/2551 เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2551 ได้มีมติเห็นชอบให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ชุดใหม่แทนคณะกรรมการชุดเดิม  เพื่อให้การทำหน้าที่ของคณะกรรมการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ เป็นไปด้วยความเรียบร้อย และเพื่อเสริมสร้างให้องค์กรของมหาวิทยาลัยมีความเข้มแข็งด้านการกำกับดูแลกิจการที่ดี มีระบบการประเมินและบริหารความเสี่ยงที่มีคุณภาพอยู่ในระดับซึ่งเป็นที่ยอมรับโดยทั่วไป  เมื่อวันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2551 ได้จัดทำประกาศสภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ เรื่อง แต่งตั้งคณะกรรมการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์  ประกอบด้วย
           1. นายนนทพล นิ่มสมบุญ                                   ทำหน้าที่เป็นประธานกรรมการ
           2. ศาสตราจารย์ ดร.นักสิทธิ์ คูวัฒนาชัย              เป็นกรรมการ
           3. นายแพทย์สมศักดิ์ ชุณหรัศมิ์                           เป็นกรรมการ
           4. นางสาวดารัตน์  บริพันธกุล                             เป็นกรรมการ
           5. นายไพฑูรย์ ทวีผล                                           เป็นกรรมการ
           6. รองอธิการบดีฝ่ายกิจการสภามหาวิทยาลัย    เป็นเลขานุการ
           7. หัวหน้าสำนักงานสภามหาวิทยาลัย                 เป็นผู้ช่วยเลขานุการ
           8. หัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน                       เป็นผู้ช่วยเลขานุการ
           และเพื่อให้การปฏิบัติหน้าที่ของคณะกรรมการติดตาม ฯ เป็นไปด้วยความเรียบร้อย มีประสิทธิภาพ และเกิดประสิทธิผลมากยิ่งขึ้น ในการประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 2/2552 เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2552 มีมติให้แต่งตั้งคณะผู้ทรงคุณวุฒิประจำคณะกรรมการติดตาม ฯ เพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ช่วยของประธานกรรมการ รองประธานกรรมการ และกรรมการผู้เสนอชื่อในงานด้านวิชาการ และด้านอื่น ๆ ซึ่งเกี่ยวเนื่องกับการปฏิบัติหน้าที่ของคณะกรรมการติดตาม ฯ ตามที่ได้รับมอบหมาย เมื่อวันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ. 2552 ได้จัดทำประกาศสภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ เรื่อง แต่งตั้งคณะผู้ทรงคุณวุฒิประจำคณะกรรมการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ประกอบด้วย 1. นางสลิล นิวัฒน์ภูมินทร์  2. นางสาวเกศกมล ไทยทอง  3. แพทย์หญิงลัดดา ดำริการเลิศ  4. นางสาวจตุพร พูลแก้ว  5. นางสาวสุวรรณี วัชโรดมประเสริฐ

           ต่อมา นายแพทย์สมศักดิ์  ชุณหรัศมิ์  ได้ขอลาออกจากการเป็นกรรมการ ตั้งแต่วันที่ 23 กุมภาพันธ์ 2553  ในการประชุมสภา ฯ  ครั้งที่  2/2553  เมื่อวันที่  8  พฤษภาคม  2553  มีมติให้แต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผลแทนตำแหน่งที่ว่าง คือ  นายแพทย์สมบุญ  เจริญเศรษฐมห

           ต่อมา แพทย์หญิงลัดดา ดำริการเลิศ  ได้ขอลาออกจากการเป็นผู้ทรงคุณวุฒิ ฯ ตั้งแต่วันที่ 17 มีนาคม 2553  ประกอบกับในการประชุมสภา ฯ  ครั้งที่  3/2553  เมื่อวันที่  17 กรกฎาคม  2553  มีมติให้แต่งตั้งผู้ทรงคุณวุฒิประจำคณะกรรมการติดตาม ฯ แทนตำแหน่งที่ว่าง คือ นางสาวเนตรทราย แย้มเจริญ

           ต่อมาเมื่อวันที่ 24 ธันวาคม 2554 สภามหาวิทยาลัยฯ ได้มีมติแต่งตั้งคณะกรรมการติดตามฯ แทนคณะกรรมการชุดเดิมที่สิ้นสุดวาระ  โดยได้จัดทำประกาศสภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ เรื่อง แต่งตั้งคณะกรรมการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ 
ประกอบด้วย           1. ดร.กฤษณพงศ์  กีรติกร ทำหน้าที่เป็นประธานกรรมการ
                                2. ศาสตราจารย์ ดร.นักสิทธิ์ คูวัฒนาชัย เป็นรองประธานกรรมการ 
                                3. นายแพทย์สมบุญ  เจริญเศรษฐมห  เป็นกรรมการ 
                                4. ศาสตราภิชานไกรฤทธิ์  บุณยเกียรติ  เป็นกรรมการ 
                                5. นายรุจาธิตย์  สุชาโต เป็นกรรมการ 
                                6. รองอธิการบดีฝ่ายกิจการสภามหาวิทยาลัย เป็นเลขานุการ 
                                7. หัวหน้าสำนักงานสภามหาวิทยาลัย เป็นผู้ช่วยเลขานุการ 
                                8. หัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน เป็นผู้ช่วยเลขานุการ
           และเพื่อให้การปฏิบัติหน้าที่ของคณะกรรมการติดตาม ฯ เป็นไปด้วยความเรียบร้อย มีประสิทธิภาพ และเกิดประสิทธิผลมากยิ่งขึ้น ในการประชุมสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม  2555 มีมติให้แต่งตั้งคณะผู้ทรงคุณวุฒิประจำคณะกรรมการติดตามฯ
ประกอบด้วย            1. ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร. สันติ  เจริญพรพัฒนา   
                                 2. นางสาวเกศกมล ไทยทอง 
                                 3. นางปิยาภรณ์  เมืองกลาง 
                                 4. นายสุรพงษ์  วงศ์พลับ 
                                 5. นายศศิทธิ์  สุชาโต